Отдел природно-очаговых бактериальных зоонозов

Лаборатория молекулярной диагностики с группой клещевых боррелиозов

Лаборатория молекулярной диагностики с группой клещевых боррелиозов отдела природно-очаговых бактериальных зоонозов начала свою работу в 2015 году.

Заведующий лабораторией — доктор медицинских наук Рудакова Светлана Анатольевна, e-mail: svetruda@mail.ru

Основные направления деятельности:

  1. Идентификацией микроорганизмов III-IV группы патогенности, в том числе:

– риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки (Rickettsia sibirica – этиологический агент клещевого сыпного тифа Северной Азии; R.raoultii –  этиологический агент синдрома клещевой лимфаденопатии).

– бартонелл (Bartonella henselae – этиологический агент бартонеллёза или болезни кошачьей царапины).

  1. Идентификация других микроорганизмов III-IV группы патогенности по заданию Управления Роспотребнадзора.

IMG_20161110_135033_BURST9Технология работ лаборатории построена на амплификации нуклеиновых кислот (НК) с использованием в полимеразной цепной реакции (ПЦР) праймеров, специфичных к определенным участкам ДНК исследуемых микроорганизмов, и детекции полученных ПЦР-продуктов в режиме реального времени или с использованием электрофореза (по «конечной точке»). При получении достаточного количества ПЦР-продукта проводится его дальнейший анализ с использованием секвенирования. Все работы проводятся в соответствии с планом научно-исследовательских работ института.

 Последовательность выполнения операций при использовании ПЦР:

  1.  Пробоподготовка, которая включает в себя отбор необходимого количества обеззараженного материала из пробирки/флакона, доставленного в лабораторию.
  2. Выделение нуклеиновых кислот.
  3. Приготовление реакционных смесей для проведения ПЦР.
  4. Внесение выделенных растворов нуклеиновых кислот в подготовленные пробирки с реакционной смесью и проведение амплификации нуклеиновых кислот.
  5. Учет результатов ПЦР с использованием программного обеспечения (при проведении ПЦР в режиме реального времени) или проведение электрофореза с последующим визуальным учетом результатов.

IMG_20161221_153129_HDRПоследовательность выполнения операций при использовании метода секвенирования:

  1.  Пробоподготовка, которая включает в себя отбор необходимого количества материала для исследования из пробирки/флакона, доставленного в лабораторию.
  2. Выделение нуклеиновых кислот.
  3. Приготовление реакционных смесей для проведения ПЦР.
  4. Внесение выделенных нуклеиновых кислот в подготовленные пробирки с реакционной смесью и проведение амплификации нуклеиновых кислот.
  5. Качественная и количественная оценка полученного ПЦР-продукта с использованием электрофореза и спектрофотометрии.
  6. Очистка ПЦР-продукта сорбцией на силикагеле/ферментным методом/колонками.
  7. Разбавление очищенного ПЦР-продукта до требуемой концентрации.
  8. Проведение секвенсовой реакции.
  9. Очистка полученных фрагментов.
  10. Проведение капиллярного фореза.
  11. Учет и анализ полученных результатов.

Группа клещевых боррелиозов создана в институте в 1991 году для изучения распространения природных очагов иксодовых клещевых боррелиозов в Западно-Сибирском регионе.

В настоящее время целью деятельности является – изучение сочетанных природных очагов инфекций, передающихся иксодовыми клещами и их эпидемического проявления.DSCN5491

Приоритетные направления исследований:

– этиология, эпизоотология и эпидемиология иксодовых клещевых боррелиозов в Западной Сибири

– изучение природных очагов эрлихиозов и анаплазмозов (переносчиков, резервуарных хозяев, эпидемиологии)

– закономерности существования и эпидемиологического проявления сочетанных природных очагов трансмиссивных инфекций

– лабораторно-диагностические исследования с целью диагностики клещевого энцефалита, иксодовых клещевых боррелиозов, эрлихиозов и анаплазмозов у больных Омской области

Основные научные достижения:

Получены новые данные о геновидовом спектре возбудителей иксодовых клещевых боррелиозов и генетическом разнообразии боррелий, циркулирующих в природных очагах Западной Сибири. Заболеваемость ИКБ в Западной Сибири связана с двумя основными геновидами боррелий – B.garinii и B.afzelii и их сочетаниями.

Впервые выявлены особенности распространения геновидов боррелий в различных типах природных очагов. В очагах с монодоминантным типом населения переносчика I.persulcatus, преобладает геновид B.garinii, в очагах с бидоминантным типом населения переносчиков I.persulcatus и D.reticulatus существенно превалирует геновид B.afzelii.работа в боксе

Установлено широкое распространение в Западно-Сибирском регионе сочетанных природных очагов трансмиссивных инфекций, обусловленное общностью переносчика клеща I.persulcatus – клещевого энцефалита, иксодовых клещевых боррелиозов, гранулоцитарного анаплазмоза, моноцитарного эрлихиоза, клещевого риккетсиоза и бабезиоза. Результаты исследований впервые позволили оценить различия в структуре и функционировании природных очагов клещевых инфекций в различных ландшафтных зонах. Клещи рода Dermacentor имеют значение в заражении населения преимущественно возбудителями риккетсиозов.

Установлено участие  клещей рода Dermacentor в инфицировании населения возбудителями ИКБ, экспериментально доказана возможность трансфазовой и трансовариальной передачи боррелий у клещей D.reticulatus.

На основании комплекса современных лабораторных методов расширены представления об этиологической структуре заболеваемости клещевыми инфекциями в Западной Сибири. Основная роль в формировании заболеваемости клещевыми инфекциями принадлежит возбудителям КЭ и ИКБ. Впервые верифицированы случаи ГАЧ и МЭЧ, установлена высокая частота микст-инфицирования населения возбудителями ГАЧ и ИКБ и относительно низкая встречаемость ГАЧ как самостоятельного заболевания.

Разработан двухэтапный алгоритм лабораторной диагностики иксодовых клещевых боррелиозов с применением комплекса иммунологических (ИФА, иммуноблот) и молекулярно-биологических (ПЦР) методов исследования с целью проведения ранней дифференциальной диагностики и назначения этиотропной терапии, учитывающий возможность реализации риска микст-инфицирования.

Усовершенствован дифференцированный подход к профилактике различных инфекций, передающихся иксодовыми клещами в Западной Сибири, что позволило оценить степень эпидемической опасности очаговых территорий и оптимизировать тактику экстренных профилактических  мероприятий.IMG_20160210_144132

Разработана программа эпидемиологического надзора за клещевыми инфекциями на основе использования более эффективных методов мониторинга возбудителей клещевых инфекций на территориях с различным уровнем заболеваемости этими инфекциями.

Методы исследований:  световая, темнопольная и люминесцентная микроскопия, иммуноферментный анализ, серологические методы (РПГА, ИФА, РНИФ), молекулярно-биологические методы (ПЦР, rial-time PCR)

Услуги населению:

– исследование клещей на зараженность возбудителями трансмиссивных инфекций;

– исследование крови человека для выявления возбудителей и антител к ним.