Сибирский федеральный окружной центр по профилактике и борьбе со СПИД был создан в июле 1989 года, в целях совершенствования организации борьбы со СПИД во исполнение приказов Министерства здравоохранения СССР от 16.03.1989г. №173 «О создании центров по предупреждению и борьбе со СПИД» и от 10.04.1989г., №239 «Об организации службы профилактики СПИД в СССР», приказа Министерства здравоохранения РСФСР от 24.04.1989г. №62 «Об организации службы профилактики СПИД в РСФСР». В это же время в Москве открывается Республиканский научно-методический центр по профилактике и борьбе со СПИД, а при научно-исследовательских институтах эпидемиологического профиля в городах Ленинград, Ростов-на-Дону, Нижний Новгород, Омск, Свердловск и Хабаровск организуются региональные центры по профилактике и борьбе со СПИД.
Приказом директора института ведущим научным сотрудником научно-исследовательской группы эпидемиологии и профилактики СПИД назначен Боровский Игорь Владимирович, д.м.н.
В июле 1989 г. создана диагностическая лаборатория регионального центра по профилактике и борьбе со СПИД, возглавила ее Шитова Ольга Юрьевна. Название лаборатории с тех пор претерпело несколько изменений, неизменным остался основной состав. С первых дней и по настоящее время трудятся а арбитражной лаборатории фельдшеры-лаборанты Пономарева Елена Викторовна и Вахрушева Людмила Владимировна, врач-вирусолог Сергеева Ирина Валентиновна, ставшая впоследствии руководителем лабораторного отдела.
В течение многих лет ответственно подходят к исполнению своих обязанностей врач-бактериолог, к.м.н. Коломеец Анна Николаевна, фельдшеры-лаборанты Имамова Галина Федоровна и Чупахина Анастасия Ивановна, санитарка Окунева Любовь Яковлена.
Первым заведующим эпидемиологическим отделом стал Береговой Виктор Абрамович.
В течение многих лет зав. клиническим отделом Омского регионального центра работала Пахунова Ирина Измайловна, врач-инфекционист высшей категории, теперь эти обязанности исполняет Довгополюк Елена Сергеевна, врач-педиатр и врач-инфекционист, в отделе работают высококвалифицированные медицинские сестры – Славщикова Яна Владимировна, Муравская Ирина Владимировна и Руцкая Елена Васильевна, а также с 2007 года медицинский регистратор (ранее – лаборант ОмскНИИПОИ с 1968г.) Белозерова Маргарита Макаровна.
В 1990 году Омский региональный центр при ОмскНИИПОИ и Омский областной центр объединились в Сибирский региональный центр по профилактике и борьбе со СПИД, главным врачом которого был назначен Гнатко Юрий Валентинович.
Основная направленность профилактических мероприятий этого периода – обеспечение безопасности донорской крови и ее компонентов, массовое обследование населения на ВИЧ и предотвращение внутрибольничного заражения ВИЧ-инфекцией.
В 1993 году была принята «Федеральная целевая программа на 1993-1995 годы по предупреждению распространения заболевания СПИДом в Российской Федерации (Анти-СПИД)».
Этой Программой были определены главные задачи:
– предупреждение распространения СПИДа половым путем и через кровь;
– диагностика, лечение и диспансеризация;
– правовая и социальная защита;
– совершенствование системы эпидемиологического надзора;
– информационное обеспечение и подготовка кадров.
В 1997 году Омский региональный центр был вновь преобразован в два центра: Сибирский региональный центр по профилактике и борьбе со СПИД, руководителем которого назначен Ипаткин Валерий Федорович, врач-эпидемиолог высшей категории, к.м.н. В течение нескольких лет обязанности руководителя центра исполнял заведующий организационно-методическим отделом Рубин Леонид Константинович, врач-эпидемиолог высшей категории, отличник здравоохранения Казахской ССР, теперь организационно-методическую работу осуществляет Рубина Юлия Леонидовна.
В 2000 году в целях совершенствования организационной структуры и деятельности учреждений по профилактике и борьбе со СПИД, а также приведения их сети в соответствие с Указом Президента Российской Федерации о создании в России федеральных округов Сибирский региональный центр по профилактике и борьбе со СПИД преобразован в Сибирский окружной центр Минздрава России по профилактике и борьбе со СПИД. На тот момент в состав Сибирского федерального округа входили 16 регионов.
В Сибирском федеральном округе укрепились хорошие традиции: ежегодно в одном из регионов проводятся окружная научно-практическая конференция по актуальным вопросам ВИЧ-инфекции и совещание главных врачей региональных центров.
В округе традиционно проводились заседания Советов эпидемиологов, а также специалистов по лабораторному делу и профилактической работе среди населения.
Сотрудники центра принимают участие в работе международных и республиканских семинаров по проблемным вопросам ВИЧ-инфекции.
Специалистами Сибирского федерального окружного центра по профилактике и борьбе со СПИД выполняется и большая научно-практическая работа. Ежегодно в различных сборниках публикуются научные статьи, которые находят широкое применение в практической деятельности и в подготовке кадров в медицинских и образовательных учреждениях. Организовано издание тематических сборников по материалам научно-практических конференций по актуальным вопросам эпидемиологии, клиники, лечения, лабораторной диагностики и профилактики ВИЧ-инфекции.
В 1998 году впервые в России центры по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями СФО объединились в Сибирскую Межрегиональную Ассоциацию «АнтиСПИД-Сибирь» для совместной реализации социально значимых программ, направленных на предупреждение распространения ВИЧ-инфекции в округе. Ассоциация призвана разрабатывать единую для Сибирского региона стратегию и тактику профилактики
ВИЧ-инфекции, обобщать и распространять опыт борьбы с эпидемией на других территориях, осуществлять взаимодействие между государственными, общественными и международными организациями, участвующими в борьбе с ВИЧ/СПИДом в России.
В 2012 году Сибирский федеральный окружный центр по профилактике и борьбе со СПИД возглавил Тюменцев Александр Тимофеевич, к.м.н., отличник здравоохранения РФ, он же является президентом «АнтиСПИД-Сибирь».
Специалисты центра не только активно принимают участие в разработке документов на 
региональном и национальном уровнях, но и тесно взаимодействуют с различными ведомствами, НКО (некоммерческими организациями); являются участниками рабочих международных экспертных групп, проводят пилотные исследования. В течение последних 10 лет налажено тесное взаимодействие с Аппаратом Полномочного представителя
Президента РФ в Сибирском федеральном округе, в т.ч. и с Управлением Аппарата государственного антинаркотического комитета по Сибирскому Федеральному округу Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков. За большой вклад в организацию взаимодействия с различными службами и ведомствами СФО отмечена Калачева Галина Аркадьевна, заместитель руководителя центра, врач-эпидемиолог высшей категории, работающая в СФОЦ СПИД с 1995 года, которой помогает врач-эпидемиолог Левахина Лидия Игоревна.
Сплоченная команда службы по профилактике и борьбе со СПИД в Сибири позволяет достойно реализовать задачи Приоритетного национального Проекта в сфере здравоохранения «Здоровье» по разделу мероприятий по профилактике ВИЧ-инфекции, гепатитов В и С, выявлению и лечению больных ВИЧ в рамках комплексной стратегии противодействия эпидемии ВИЧ в Российской Федерации и в регионах Сибирского федерального округа.