Лаборатория арбовирусных (ранее – трансмиссивных вирусных) инфекций была организована в 1968 г. по инициативе заместителя директора по науке института, известного российского эпидемиолога и медицинского паразитолога, доктора биологических наук, профессора Георгия Иосифовича Нецкого, с именем которого связана ликвидация малярии в Западной Сибири и ряд других научных достижений.
Бессменным руководителем сформированной лаборатории в период с 1968 по 1999 г.г., получившей название «лаборатория трансмиссивных вирусных инфекций» (лаборатория ТВИ, ныне – лаборатория арбовирусных инфекций отдела ПОВИ), стал Бусыгин Ф.Ф. (1929 – 2001 г.г. жизни), впоследствии – доктор медицинских наук, профессор. С 1999 г. лабораторию возглавляет Якименко В.В., доктор биологических наук.
За период существования сотрудники лаборатории проводили широкий комплекс 
эпидемиологических и зоолого-паразитологических исследований в зонах народо-хозяйственного освоения регионов Сибири и Дальнего Востока – в Субарктике и Арктике (п-ова Ямал и Таймыр); в зонах строительства БАМ, КАТЭК и др. Выполнялись комплексные исследования по оценке последствий перераспределения стока северных рек в южном направлении; строительства оросительных систем и гидросооружений.
Научные направления исследований лаборатории всегда были ориентированы на изучение наиболее значимых в краевой инфекционной патологии населения региона: клещевого энцефалита и омской геморрагической лихорадки. Кроме того, сотрудники лаборатории осуществляли научные исследования по проблеме переноса инфекций перелетными птицами, в том числе их исследованиями в 70-80-хх годах прошлого века было положено начало изучения эпизоотологии гриппа в регионе.
Структура лаборатории:
- Блок для работы с инфицированными животными
- Акарологический блок (эклекторная, помещение для работы с чистыми лабораторными линиями клещей; бокс для проведения экспериментов с инфицированными членистоногими)
- Молекулярный блок (полный цикл ОТ ПЦР с детекцией продуктов амплификации методом электрофореза) – блок помещений совместного использования с группой экологии и эпидемиологии бешенства.
- Культуральный блок – для проведения исследований на культурах клеток.
- Помещения для лиофилизации биологических материалов.
- Музей медицинской арахноэнтомологии
- Хранилище ПБА.
Направления исследований лаборатории:
Лаборатория арбовирусных инфекций отдела ПОВИ проводит научно-исследовательские (диагностические, экспериментальные, молекулярно-биологические, полевые, зоолого-паразитологические) работы по изучению экологии и эпидемиологии возбудителей природно-очаговых инфекций 2 группы патогенности (арбовирусов, хантавирусов и др.):
- Осуществляет сбор материалов в природных очагах вирусных инфекций, осуществляет весь комплекс зоолого-паразитологических исследований в природных очагах в регионах Западной Сибири (Сибирский и Уральский федеральные округа) и Алтая.
- Проводит полный комплекс полевых и лабораторных экспериментов с возбудителями природно-очаговых инфекций, их хозяевами и переносчиками.
- Осуществляет работы по изучению структуры популяций и динамике численности хозяев и переносчиков возбудителей профильных инфекций.
- Осуществляет весь комплекс зоолого-паразитологической обработки полевых материалов.
- Осуществляет пополнение, ведение и хранение музея медицинской арахноэнтомологии на базе лаборатории (эталонные, рабочие и учебные коллекции членистоногих из числа клещей, блох и кровососущих двукрылых).
- Проводит сбор, обработку и анализ архивных эпидемиологических и эпизоотологических данных служб практического здравоохранения Западной Сибири, Алтая и сопредельных территорий.
- Осуществляет обработку (изоляцию, идентификацию) первичных материалов из природных очагов инфекций.
- Проводит изучение биологических свойств изолированных штаммов вирусов.
- Проводит (на условиях сотрудничества с профильными научными подразделениями РАН, РАМН и Роспотребнадзора) исследования геномов различных групп арбовирусов, хантавирусов и др.
- Осуществляет изучение системы кодирования геномов вирусов, процессов микроэволюции вирусов на основе статистического анализа и математического моделирования.
- Осуществляет ведение рабочей коллекции вирусов профильных семейств, родов и видов.
- Осуществляет вирусологические исследования материалов, поступающих от служб практического здравоохранения.
- Осуществляет исследования по уточнению диагнозов заболеваний людей (по ходатайствам служб практического здравоохранения).
Музей медицинской арахноэнтомологии организован в феврале 1980 г. Основой музея 
являются сборы сотрудников института и Омской противомалярийной станции в 1947-1979 гг., основной фонд был собран младшим научным сотрудником лаборатории трансмиссивных вирусных инфекций Виктором Ивановичем Алифановым.
Музейная коллекция содержит виды членистоногих фауны Сибири, Урала и Дальнего Востока, а также некоторых представителей Европейской части бывшего СССР, Кавказа, Средней Азии, Индии, Ирака, Юго-Восточной Азии, Африки. В целом в коллекции музея представлены членистоногие (клещи, блохи, вши, пухоеды, клопы, двукрылые насекомые) из 23 стран мира и 85 административных территорий. В списке хозяев – птицы (51 вид), млекопитающие (104 вида), единично – пресмыкающиеся и насекомые. Музейный фонд состоит из коллекции эталонных препаратов, наборов учебных препаратов и обменного фонда (всего около 8000 единиц хранения).
В том числе, в коллекции представлены:
клещи (класс Acari):
отряд Acariformes – 55 видов;
отряд Parasitiformes – 327 видов
насекомые (класс Insecta):
отряд Anoplura – 8 видов;
отряд Hemiptera – 3 вида;
отряд Mallophaga – 8 видов;
отряд Siphonaptera – 151 вид
В списке хозяев – птицы (51 вид), млекопитающие (104 вида), пресмыкающиеся (единично) и насекомые (единично).
Рабочая коллекция вирусов лаборатории арбовирусных инфекций содержит эталонные и авторские штаммы семейств Тогавирида, Флавивирида, Буньявирида.
Диссертации, выполненные на базе лаборатории арбовирусных инфекций:
Докторские диссертации:
Бусыгин Ф.Ф. Распространение и эпидемиологическое значение арбовирусов в Западной Сибири. Москва, 1975.
Тагильцев А.А. Экологические аспекты изучения роли гамазоидных клещей в природных очагах некоторых арбовирусных инфекций. Фрунзе, 1975.
Богданов И.И. Типология природных очагов клещевых арбовирусных инфекций на основе их сравнительно-экологической характеристики. Москва, 1990.
Якименко В.В. Экологические предпосылки гетерогенности популяций хантавирусов и вирусов комплекса клещевого энцефалита в Западной Сибири. Москва, 2004.
Малькова М.Г. Зональные фаунистические комплексы и структура сообщества мелких млекопитающих и связанных с ними членистоногих в Западной Сибири. Новосибирск, 2009.
Кандидатские диссертации:
Лебедев Е.П. Характеристика современного состояния очагов омской геморрагической лихорадки. Москва, 1982.
Якименко В.В. Роль колониальных птиц в поддержании природных очагов трансмиссивных вирусных инфекций на территории Западной Сибири. Новосибирск, 1987.
Калмин О.Б. Совершенствование системы эпидемиологического надзора за Омской геморрагической лихорадкой в связи с особенностями экологии возбудителя. Омск, 1995.
Коралло (Винарская) Н.П. Биоценотические связи гамазовых клещей (Acari, Parasitiformes: Gamasina) с мелкими млекопитающими на юге Западной Сибири (по материалам Омской области). Омск, 2004.
Тюлько Ж.С. Эколого-генетические механизмы изменчивости генома хантавирусов и их влияние на микроэволюцию ограниченной по численности вирусной популяции. Омск, 2009.
Кандидатские диссертации, выполненные исследователями других организаций на базе лаборатории и под руководством сотрудников лаборатории:
Соколова Н.А. Ландшафтно-биотопическая характеристика и пространственная структура поселений узкочерепной полевки в Западной Сибири. Екатеринбург, 2004.
Чачина С.Б. Биотопические и паразито-хозяинные связи блох (Insecta, Siphonaptera) в различных ландшафтах юга Западной Сибири (по материалам Омской области). Омск, 2004.
Колпакова Т.Ю. Характер межвидовых взаимоотношений белошапочной (Emberiza leucocephala S.G.Gmelin, 1771)и обыкновенной (Emberiza citronella Linnaeus, 1758) овсянок в условиях совместного обитания (на примере Омской области). Омск, 2005.
