Лаборатория молекулярной диагностики с группой клещевых боррелиозов отдела природно-очаговых бактериальных зоонозов начала свою работу в 2015 году.
Заведующий лабораторией — доктор медицинских наук Рудакова Светлана Анатольевна, e-mail: svetruda@mail.ru
Основные направления деятельности:
- Идентификацией микроорганизмов III-IV группы патогенности, в том числе:
– риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки (Rickettsia sibirica – этиологический агент клещевого сыпного тифа Северной Азии; R.raoultii – этиологический агент синдрома клещевой лимфаденопатии).
– бартонелл (Bartonella henselae – этиологический агент бартонеллёза или болезни кошачьей царапины).
- Идентификация других микроорганизмов III-IV группы патогенности по заданию Управления Роспотребнадзора.
Технология работ лаборатории построена на амплификации нуклеиновых кислот (НК) с использованием в полимеразной цепной реакции (ПЦР) праймеров, специфичных к определенным участкам ДНК исследуемых микроорганизмов, и детекции полученных ПЦР-продуктов в режиме реального времени или с использованием электрофореза (по «конечной точке»). При получении достаточного количества ПЦР-продукта проводится его дальнейший анализ с использованием секвенирования. Все работы проводятся в соответствии с планом научно-исследовательских работ института.
Последовательность выполнения операций при использовании ПЦР:
- Пробоподготовка, которая включает в себя отбор необходимого количества обеззараженного материала из пробирки/флакона, доставленного в лабораторию.
- Выделение нуклеиновых кислот.
- Приготовление реакционных смесей для проведения ПЦР.
- Внесение выделенных растворов нуклеиновых кислот в подготовленные пробирки с реакционной смесью и проведение амплификации нуклеиновых кислот.
- Учет результатов ПЦР с использованием программного обеспечения (при проведении ПЦР в режиме реального времени) или проведение электрофореза с последующим визуальным учетом результатов.
Последовательность выполнения операций при использовании метода секвенирования:
- Пробоподготовка, которая включает в себя отбор необходимого количества материала для исследования из пробирки/флакона, доставленного в лабораторию.
- Выделение нуклеиновых кислот.
- Приготовление реакционных смесей для проведения ПЦР.
- Внесение выделенных нуклеиновых кислот в подготовленные пробирки с реакционной смесью и проведение амплификации нуклеиновых кислот.
- Качественная и количественная оценка полученного ПЦР-продукта с использованием электрофореза и спектрофотометрии.
- Очистка ПЦР-продукта сорбцией на силикагеле/ферментным методом/колонками.
- Разбавление очищенного ПЦР-продукта до требуемой концентрации.
- Проведение секвенсовой реакции.
- Очистка полученных фрагментов.
- Проведение капиллярного фореза.
- Учет и анализ полученных результатов.
Группа клещевых боррелиозов создана в институте в 1991 году для изучения распространения природных очагов иксодовых клещевых боррелиозов в Западно-Сибирском регионе.
В настоящее время целью деятельности является – изучение сочетанных природных очагов инфекций, передающихся иксодовыми клещами и их эпидемического проявления.
Приоритетные направления исследований:
– этиология, эпизоотология и эпидемиология иксодовых клещевых боррелиозов в Западной Сибири
– изучение природных очагов эрлихиозов и анаплазмозов (переносчиков, резервуарных хозяев, эпидемиологии)
– закономерности существования и эпидемиологического проявления сочетанных природных очагов трансмиссивных инфекций
– лабораторно-диагностические исследования с целью диагностики клещевого энцефалита, иксодовых клещевых боррелиозов, эрлихиозов и анаплазмозов у больных Омской области
Основные научные достижения:
Получены новые данные о геновидовом спектре возбудителей иксодовых клещевых боррелиозов и генетическом разнообразии боррелий, циркулирующих в природных очагах Западной Сибири. Заболеваемость ИКБ в Западной Сибири связана с двумя основными геновидами боррелий – B.garinii и B.afzelii и их сочетаниями.
Впервые выявлены особенности распространения геновидов боррелий в различных типах природных очагов. В очагах с монодоминантным типом населения переносчика I.persulcatus, преобладает геновид B.garinii, в очагах с бидоминантным типом населения переносчиков I.persulcatus и D.reticulatus существенно превалирует геновид B.afzelii.
Установлено широкое распространение в Западно-Сибирском регионе сочетанных природных очагов трансмиссивных инфекций, обусловленное общностью переносчика клеща I.persulcatus – клещевого энцефалита, иксодовых клещевых боррелиозов, гранулоцитарного анаплазмоза, моноцитарного эрлихиоза, клещевого риккетсиоза и бабезиоза. Результаты исследований впервые позволили оценить различия в структуре и функционировании природных очагов клещевых инфекций в различных ландшафтных зонах. Клещи рода Dermacentor имеют значение в заражении населения преимущественно возбудителями риккетсиозов.
Установлено участие клещей рода Dermacentor в инфицировании населения возбудителями ИКБ, экспериментально доказана возможность трансфазовой и трансовариальной передачи боррелий у клещей D.reticulatus.
На основании комплекса современных лабораторных методов расширены представления об этиологической структуре заболеваемости клещевыми инфекциями в Западной Сибири. Основная роль в формировании заболеваемости клещевыми инфекциями принадлежит возбудителям КЭ и ИКБ. Впервые верифицированы случаи ГАЧ и МЭЧ, установлена высокая частота микст-инфицирования населения возбудителями ГАЧ и ИКБ и относительно низкая встречаемость ГАЧ как самостоятельного заболевания.
Разработан двухэтапный алгоритм лабораторной диагностики иксодовых клещевых боррелиозов с применением комплекса иммунологических (ИФА, иммуноблот) и молекулярно-биологических (ПЦР) методов исследования с целью проведения ранней дифференциальной диагностики и назначения этиотропной терапии, учитывающий возможность реализации риска микст-инфицирования.
Усовершенствован дифференцированный подход к профилактике различных инфекций, передающихся иксодовыми клещами в Западной Сибири, что позволило оценить степень эпидемической опасности очаговых территорий и оптимизировать тактику экстренных профилактических мероприятий.
Разработана программа эпидемиологического надзора за клещевыми инфекциями на основе использования более эффективных методов мониторинга возбудителей клещевых инфекций на территориях с различным уровнем заболеваемости этими инфекциями.
Методы исследований: световая, темнопольная и люминесцентная микроскопия, иммуноферментный анализ, серологические методы (РПГА, ИФА, РНИФ), молекулярно-биологические методы (ПЦР, rial-time PCR)
Услуги населению:
– исследование клещей на зараженность возбудителями трансмиссивных инфекций;
– исследование крови человека для выявления возбудителей и антител к ним.