Отчет по работе Референс-центра за 2022 год

1

Взаимодействие с управлениями Роспотребнадзора по субъектам РФ и ФБУЗ «ЦГиЭ»  в субъектах РФ о предоставлении статистических материалов по риккетсиозам

Получены данные по эпидемиологической ситуации по клещевым риккетсиозам в субъектах РФ за 2021год, проведен анализ заболеваемости, составлен долгосрочный прогноз

Шпынов С.Н., Штрек С.В.

I квартал, январь-март

2

Оказание консультативно-методической и практической помощи органам и организациям Роспотребнадзора, медицинским организациям по лабораторной диагностике и мониторингу риккетсиозов

Консультирование по вопросам эпидемиологии, эпизоотологии, природной очаговости, лабораторной диагностики и профилактики клещевых риккетсиозов. Лабораторное исследование материала от больных или полевого материала с целью подтверждения диагноза или выявления риккетсий

Рудаков Н.В., Шпынов С.Н., Самойленко И.Е. Решетникова Т.А. Штрек С.В. Красоткина С.Ю.

I – IV квартал, январь-декабрь

3

Подготовлены предложения по перечню свойств (характеристикам) штаммов патогенных риккетсий для внесения в «Национальный интерактивный каталог патогенных микроорганизмов и биотоксинов» в ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора

Разработана форма паспорта штамма риккетсий позволяющая представить наиболее важные данные (характеристики), включающие следующие разделы: вид риккетсий (субтаксономические категории: группа, подвид), методы выделения и культивирования, краткая характеристика штамма, группа патогенности, вирулентность для животных, морфологические и тинкториальные свойства, генетические характеристики, краткая характеристика культуры, пассажная история, условия хранения/восстановление, охраноспособность. Форма позволит оптимизировать работу «Национального интерактивного каталога патогенных микроорганизмов и биотоксинов»

Рудаков Н.В., Якименко В.В., Шпынов С.Н., Штрек С.В.

I квартал, февраль

4

Подготовлено информационно-аналитическое письмо «Эпидемиологическая ситуация по риккетсиозам группы клещевой пятнистой лихорадки в Российской Федерации в 2021г., прогноз на 2022 г. и последующие годы». Утверждено  руководителем Роспотребнадзора и направлено руководителям территориальных органов и подведомственных организаций Роспотребнадзора  для использования в работе.

Охарактеризована эпидемиологическая ситуация по риккетсиозам группы клещевой пятнистой лихорадки в субъектах РФ в 2012 – 2021 гг.,и дан долгосрочный прогноз на 2022-2026 гг. В 2020-2021 гг. показатели регистрируемой заболеваемости в целом по России снизились относительно среднемноголетнего допандемического уровня 2012-2019 гг. в среднем в 2 раза по сибирскому клещевому тифу, астраханской пятнистой лихорадке и средиземноморской лихорадке. На фоне роста частоты контактов населения с переносчиками в 2020-2021 гг. в большинстве регионов и снижения заболеваемости в тех же регионах свидетельствует о регистрационном характере изменений. Ранжирование территорий по среднемноголетним показателям заболеваемости позволило отнести к группе регионов очень высокой эпидемической опасности по СКТ Республику Алтай и Алтайский край. В Республике Алтай, Алтайском крае, Республике Крым и г. Севастополь следует ожидать сохранение заболеваемости или её рост

Рудаков Н.В., Шпынов С.Н., Пеньевская Н.А.,  Кумпан Л.В., Блох А.И., Штрек С.В.^,

I квартал, март

5

Подготовлены методические рекомендации МР 3.1.0281-22 «Эпидемиологический надзор, лабораторная диагностика и профилактика лихорадки Ку». Утверждены руководителем Роспотребнадзора Поповой А.Ю. 08.04.2022 г.

Методические рекомендации 3.1.0281-22 «Эпидемиологический надзор, лабораторная диагностика и профилактика лихорадки Ку» определяют организацию и порядок проведения эпидемиологического надзора, лабораторную диагностику и профилактику лихорадки Ку. Предназначены для специалистов органов и организаций Роспотребнадзора, а также могут быть использованы специалистами организаций, осуществляющих лабораторную диагностику лихорадки Ку

Рудаков Н.В., Шпынов С.Н.

I квартал, март

6

Проведено исследование сывороток крови людей на риккетсиозы и лихорадку Ку с эндемичных территорий Алтайского края и Омской области

Методом иммуноферментного анализа и в реакции связывания комплемента исследована 731 сыворотка крови на лихорадку Ку (13,0% положительных проб) и 275 сывороток на риккетсиозы (9,8% положительных проб)

Штрек С.В., Санников А.В., Красоткина С.Ю.

I – IV квартал, январь-декабрь

7

Проведена экспресс-диагностика риккетсий в снятых переносчиках (присосавшиеся клещи) для выбора тактики проведения экстренных профилактических мероприятий

Методом ПЦР исследовано 859 экземпляров иксодовых клещей Dermacentor reticulatus, из них 410 (47,7 %) положительных на риккетсии

Рудакова С.А., Теслова О.Е., Муталинова Н.Е., Красоткина С.Ю.

I – IV квартал, март-октябрь

8

Подготовлены материалы по клещевым риккетсиозам за 2021 год для раздела «Основные результаты научных исследований в области гигиены, эпидемиологии и профилактической медицины». Материалы опубликованы в государственном докладе «О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2021 году»

Выявлено инфицирование возбудителями клещевых риккетсиозов 14,7 % иксодовых клещей Dermacentor reticulatus, собранных в рекреационной зоне г. Омска. Выявлена ДНК Rikettsia sibirica, что указывает на существование природных очагов и их потенциальную опасность для человека. Установлена таксономия пяти видов клещей рода Dermacentor, распространённых на территории Евразии и являющихся переносчиками риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки (КПЛ). D. marginatus, D. silvarum, D. niveus являются конспецифичными представителями молодого подрода Serdjukovia. Ряд патогенных видов риккетсий группы КПЛ передается этими видами клещей человеку на территории Российской Федерации и Республики Казахстан

Рудаков Н.В., Шпынов С.Н.

II квартал, апрель

9

Направлены в Роспотребнадзор предложения по внесению изменений в действующие алгоритмы эпидемиологического надзора и мониторинга за риккетсиозами на территории Российской Федерации, в рамках компетенции референс-центра по мониторингу за риккетсиозами Роспотребнадзора

Разработан алгоритм комплексного микробиологического мониторинга природных очагов клещевых риккетсиозов, включающий четыре этапа: молекулярно-биологический скрининг изучаемой территории; изучение спектра риккетсий, циркулирующих в очаге; изучение и анализ особенностей биологических свойств риккетсий в популяции конкретного очага; изучение механизмов сохранения популяции риккетсий в очаге, с использованием молекулярно-биологических, классических риккетсиологических и экспериментальных методов. Новый подход к мониторингу природных очагов клещевых риккетсиозов предусматривает комплексное применение «классических» риккетсиологических методов, а также молекулярно-биологических и экспериментальных методов.

Самойленко И.Е., Штрек С.В., Шпынов С.Н., Кумпан Л.В., Рудаков Н.В.

II квартал, апрель

10

Изучение генетических характеристик риккетсий

Получены данные о 4-х нуклеотидных последовательности фрагмента гена gltA Candidatus Rickettsia tarasevichiae

С.Н. Штрек

II квартал, апрель

11

Получено свидетельство №2022668539 о государственной регистрации программы для ЭВМ «Tick-cast: прогнозирование заболеваемости с выраженной периодичностью». Дата государственной регистрации 07.10.2022 г.

Разработанное программное обеспечение ЭВМ: «Tick-cast: прогнозирование заболеваемости с выраженной периодичностью» позволяет составить прогноз заболеваемости населения клещевыми риккетсиозами на десятилетний период. В выводе программы формируется два файла: первый содержит собственно прогнозные значения заболеваемости с 95% доверительным интервалом (predicted.csv), второй – технические данные об использованных моделях, их коэффициенты (models.csv)

Блох А.И., Штрек С.В., Кумпан Л.В., Шпынов С.Н., Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В.

II квартал, май

12

Проведено генотипирование риккетсий в иксодовых клещах различных видов в природных очагах клещевых риккетсиозов в России

С помощью ПЦР исследовано 296 экземпляров иксодовых клещей из Астраханской области (Hyalomma marginatum, Rhipicephalus pumilio), Красноярского края (Dermacentor nuttallii, D. silvarum и Ixodes persulcatus) и Республики Алтай (D. nuttallii). ДНК риккетсий выявлена у 60,5 % клещей

Штрек С.В., Санников А.В.

II – IV квартал, май-декабрь

13

Участие в совещании у Руководителя Роспотребнадзора А.Ю. Поповой по вопросу осложнения эпидемической ситуации и организации эпидемиологического надзора за Ку-лихорадкой в Ростовской области

Была обеспечена научно-методическая помощь организациям, подведомственным Роспотребнадзору и содействие по вопросам изоляции штаммов Coxiella burnetii и их молекулярно-биологической идентификации; проведён оперативный эпидемиологический анализ и оценка эпидемической ситуации по лихорадке Ку в Ставропольском крае, Ростовской и Астраханской областях

Рудаков Н.В.

III квартал, июль

14

Получено свидетельство № 2022622333 о государственной регистрации базы данных «Коллекция штаммов риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки ФБУН «Омского НИИ природно-очаговых инфекций». Дата государственной регистрации 23.09.2022г.

База данных предназначена для учёта и хранения информации о штаммах риккетсий группы КПЛ, поступающих в коллекцию ФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора и изучаемых в его подразделениях. База данных содержит сведения о наименовании штамма, виде возбудителя, о дате, месте, источнике выделения и авторе штамма. В основу «Коллекция штаммов риккетсий группы КПЛ» положены данные о штаммах R. sibirica, R. heilongjiangensis, R. raoultii (генотип DnS28), R. akari, R. slovaca, R. sibirica subsp. BJ-90 и Rickettsia spp. исследования которых осуществлялись с помощью изучения фенотипических характеристик и фрагментарного геномномного секвенирования

Штрек С.В., Шпынов С.Н., Самойленко И.Е., Рудаков Н.В.

III квартал, сентябрь

15

Подготовлен промежуточный отчет по НИР (этап 2) «Разработка комплексного методологического подхода для оптимизации эпидемиологического надзора за природными очагами клещевых риккетсиозов в России». Отчет оформлен по ГОСТ 7.32-2017.

Разработан комплексный методологический подход к мониторингу и оценке состояния природных очагов клещевых риккетсиозов. Подход основан на применении традиционных риккетсиологических и современных методов, включая молекулярно-биологические, а также разработку программного обеспечения для составления долгосрочных прогнозов заболеваемости и оценки содержания риккетсий в образцах исследуемого материала. Комплексное применение общепринятых подходов и методов, дополненное разработками представленными в данном отчёте НИР, составило основу для более углублённой и целостной оценки состояния природных очагов клещевых риккетсиозов с целью совершенствования эпидемиологического надзора.

Шпынов С.Н., Самойленко И.Е., Кумпан Л.В., Штрек С.В., Блох А.И., Абрамова Н.В., Боброва О.А., Санников А.В.

III квартал, сентябрь

16

Семинар по природно-очаговым и особо опасным инфекциям для сотрудников территориальных органов и организаций Роспотребнадзора в ДНР, ЛНР, Запорожской, Херсонской, Ростовской и Воронежской областей, Республики Крым и г.Севастополя (письмо Роспотребнадзора №02/25089-2022-26 от 27.12.2022 г.)

Прочитан доклад «Природно-очаговые инфекции в России» 29.12.2022 г.

Шпынов С.Н.

декабрь

17

Публикация научных материалов

Опубликовано 6 работ

Рудаков Н.В., Шпынов С.Н., Штрек С.В. Самойленко И.Е., Решетникова Т.А., Кумпан Л.В., Боброва О.А., Красоткина С.Ю., Санников А.В.

I – IV квартал, январь-декабрь