ФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора является единственным в России научным учреждением, полностью профилированным по проблеме природно-очаговых болезней.
С первых лет работы институт активно участвовал в проведении противоэпидемических мероприятий.
В 1930 г. были впервые проведены исследования в очагах туляремии, была выделена культура возбудителя туляремии. В этом же году сотрудники института участвовали в ликвидации крупной эпизоотии сибирской язвы в Западной Сибири, в короткий срок было налажено производство сибиреязвенной вакцины, которая действенную помощь ветеринарной службе в ликвидации этой тяжелой инфекции.
В годы Великой Отечественной войны выпускалось большое количество бактерийных и сывороточных препаратов для обеспечения фронта и тыла.
В послевоенный период институт основную научную тематику ориентировал на природно-очаговые инфекции, в результате чего была открыта новая инфекция – Омская геморрагическая лихорадка.
Научными сотрудниками института проведены в Сибири, на Дальнем Востоке, Заполярье масштабные приоритетные исследования по проблеме клещевого энцефалита, ОГЛ, других арбовирусных инфекций, изучению роли перелетных птиц в трансконтинентальном переносе арбовирусов, а позднее и в экологии вирусов гриппа.
Большая научно-исследовательская работа проведена в отношении возбудителя токсоплазмоза; вируса бешенства; гельминтозов с природной очаговостью; иксодовых клещевых боррелиозов; клещевого риккетсиоза.
Исследования по туляремии и бруцеллезу были продолжены и касались особенностей эпидемического процесса и эффективности профилактических мероприятий. Подробно изучена смешанная инфекция туляремии и ОГЛ в природе и эксперименте. Изучены очаги лихорадки Ку в Западной Сибири. Установлена степень распространения лептоспирозов в Западной Сибири, этиологическая структура лептоспирозов в районах Сибири и Заполярья.
Круг инфекций, исследованных научными сотрудниками института, очень обширен. К наиболее актуальным относятся инфекции, передающиеся иксодовами клещами, в первую очередь, клещевой энцефалит. Разрабатывались практически все аспекты проблемы клещевого энцефалита (КЭ), которые отражены в диссертационных работах, монографиях, многочисленных статьях, нормативных и методических документах, патентах на изобретения, и нашли широкое практическое применение в лабораторной диагностике, лечении, профилактике КЭ и эпидемиологическом надзоре.
С 1972г. сотрудниками института подготовлено 16 методических документов по КЭ, получено 11 патентов на изобретения по этой проблеме. Разработаны критерии оценки эпидемической опасности эндемичных территорий, на основании чего впоследствии проведено районирование по степени риска заражения КЭ территорий Западной Сибири, Амурской области, Красноярского края. Обоснованы комплексы оптимальных профилактических мероприятий против КЭ в зависимости от степени риска заражения. Предложен и внедрен в практику новый подход к тактике серопрофилактики КЭ, основанный на определении в ИФА вирусофорности отдельных особей иксодовых клещей, снятых с людей. Существенной новизной отличаются исследования структуры генома вируса КЭ. Определены особенности ландшафтного и биотопического распределения различных генотипов и геновариантов вируса КЭ на юге Западной Сибири. Сформулирована оригинальная концепция иммунопатогенеза КЭ, которая представляет собой новое перспективное направление в подходах к оценке развития инфекционного процесса.
Усовершенствована система эпидемиологического надзора за клещевыми инфекциями на основе использования более эффективных методов мониторинга возбудителей на территориях с различным уровнем заболеваемости.
Выявлена тенденция изменения уровня регистрируемой заболеваемости КЭ, иксодовых клещевых боррелиозов и клещевых риккетсиозов в РФ и Омской области.
Проведены широкие исследования по изучению сочетанных природных очагов КЭ и других инфекций, обоснованы теоретические положения о сочетанности природных очагов.
На территории Западной Сибири впервые выявлены природные очаги хантавирусных инфекций, трансмиссивных протозоозов (бабезиоз).
Впервые в Западной Сибири выявлены природные очаги и диагностированы заболевания иксодовыми клещевыми боррелиозами. Определены основные геновиды боррелий – возбудителей инфекции в регионе.
Установлена зараженность иксодовых клещей эрлихиями и анаплазмами, а также микстиинфицированность переносчиков несколькими патогенами. Выполнены приоритетные исследования по обнаружению и выяснению эпидемиологического значения сочетанных природных очагов инфекций и инвазий.
Исследования показали, что в Западно – Сибирском регионе широко распространены сочетанные природные очаги трансмисивных инфекций – клещевого энцефалита, иксодовых клещевых боррелиозов, гранулоцитарного анаплазмоза, моноцитарного эрлихиоза, клещевого риккетсиоза и бабезиоза. Основная роль в заражении населения данными возбудителями принадлежит клещам I.persulcatus.
Подтверждена возможность микстинфицирования у людей в различных сочетаниях, создан алгоритм дифференциальной диагностики инфекций, передающихся иксодовыми клещами, позволяющий осуществлять раннюю верификацию заболевания и проводить адекватные лечебные и профилактические мероприятия.
Установлено распространение возбудителей рода Babesia в пределах подтаежной зоны, северной и южной лесостепи юга Западной Сибири.
Проведены значительные исследования и охарактеризована современная эпизоотическая ситуация по бешенству, проанализирована многолетняя динамика эпизоотического процесса на территории России. Установлено изменение в структуре основных источников бешенства, проведён современный анализ эколого-эпизоотологического состояния природно-очаговых регионов бешенства в России. Выполнено районирование Российской Федерации по степени риска заражения человека бешенством, даны предложения относительно дифференцированного подхода к профилактическим мероприятиям в зонах различной степени эпидемической опасности бешенства на территории России. Установлена активизация нового природно-очагового региона на юге Восточной Сибири, вскрыты возможные пути проникновения инфекции в Восточную Сибирь. Определено генетическое разнообразие вариантов вируса бешенства, циркулирующих на территории России, установлена спонтанная заражённость хищников на юге Западной Сибири, проведён анализ эпизоотического процесса в Омской области и проведено её эпизоотолого-эпидемиологическое районирование, проведён мониторинг популяций диких хищников в природных очагах бешенства на территории Омской области.
Высокой научной новизной отличаются результаты генотипирования риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки. В этой области институт занимает лидирующее место в России. Разработана серия методических указаний и рекомендаций по клещевому риккетсиозу и паразитарным болезням, утвержденных на федеральном уровне.
Получены новые научные данные, свидетельствующие о широком распространении в Сибири и на Дальнем Востоке новых видов риккетсий, экологически связанных с иксодовыми клещами. Установлено, что наряду с традиционно известными риккетсиями группы клещевой пятнистой лихорадки – возбудителями клещевого риккетсиоза в этом регионе, с иксодовыми клещами связаны новые для науки виды риккетсий, а также новые для этого региона виды и новые риккетсии с неизученной патогенностью. Установлено распространение эрлихий и анаплазм в Сибири и на Дальнем Востоке.
Разработаны и апробированы технологии молекулярно-биологических исследований, основанные на ПЦР-рестрикционном анализе, для дифференциации основных видов риккетсий, выявляемых в природных очагах Западной Сибири. Впервые обосновано применение ПЦР-рестрикционного анализа для дифференциации патогенных (R.sibirica) и условно-патогенных (R.raoultii) риккетсий в иксодовых клещах и в материалах от больных. Отработаны алгоритмы дифференциации риккетсий основных видов и лабораторной диагностики риккетсиозов у пациентов, основанные на ПЦР-рестрикционном анализе.
Охарактеризованы эволюционные аспекты формирования паразитарных систем (переносчиков – иксодовых клещей и паразитов – риккетсий клещевого биотипа).
Проведено экспериментальное изучение патогенных свойств штаммов R.tarasevichiae (кандидат в новый вид риккетсий, циркулирующий в клещах I.persulcatus на различных территориях РФ), в биопробах на лабораторных животных. Полученные результаты позволяют предполагать способность R.tarasevichiae вызывать нейроинфекцию у морских свинок.
Отработана методика культивирования риккетсий (в том числе риккетсий новых видов, не культивирующихся на традиционных моделях) и анаплазм с использованием культур клеток Vero и HEP-2. Проведено накопление биомассы 20 штаммов 6 видов риккетсий и 1 штамма анаплазм. С использованием живых биотехнологических систем (культуры клеток Vero, HEP-2 и клещевая экспериментальная модель) проведено обновление коллекции штаммов риккетсий, имеющихся в институте.
Разработанный способ для определения антител к антигену Rickettsia sibirica в ИФА обладает почти вдвое большей чувствительностью в сравнении с регламентированным методом РСК (91,7% и 52,9%, соответственно) при сохранении высокой специфичности и упрощении постановки, и может быть рекомендован для диагностики КР.
Установлена циркуляция бартонелл и риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки в природных очагах Омской области. Установлено широкое инфицирование бартонеллами подавляющего большинства видов мелких млекопитающих в пределах подтаежной зоны, северной и южной лесостепи юга Западной Сибири, а также иксодовых клещей. Впервые молекулярно-биологическими методами выявлена циркуляция в популяциях диких мелких млекопитающих 2 известных видов бартонелл: Bartonella grahamii, B.taylorii и кандидата в новый вид Candidatus Bartonella rudakovii. Описан новый вид риккетсий Rickettsia raoultii sp. nov.
Впервые в Омской области серологически был подтвержден диагноз «болезнь кошачьей царапины» у четырех больных. Полученные результаты могут послужить поводом рекомендовать более широкий спектр обследования при лимфаденитах с подозрением на зоонозную инфекцию.
На базе института с 1989 года функционирует Сибирский федеральный окружной центр по профилактике и борьбе со СПИД, задачами которого является совершенствование организации борьбы с ВИЧ-инфекцией, осуществление разработки и внедрения в практику системы эпидемиологического надзора, мер профилактики и современных методов диагностики и лечения ВИЧ-инфицированных, а так же усиление и расширение профилактической работы в первую очередь среди молодежи и наиболее уязвимых групп населения.
Сибирский федеральный окружной центр по профилактике и борьбе со СПИД выполняет широкий спектр лабораторных исследований для точной и ранней диагностики, позволяющий врачам-клиницистам назначить оптимальную тактику лечения и проводить своевременную корректировку. Для достижения высокой надёжности диагностики используются тест-системы последнего поколения ведущих отечественных и зарубежных производителей. Комплекс современных лабораторных и информационных технологий обеспечивает высокое качество диагностических исследований.
В последнее время институт оснащен современным лабораторным оборудованием для использования генетической структуры болезнетворных микроорганизмов, в том числе секвенатором, используемым для определения генотипа и анализа мутаций возбудителей инфекционных заболеваний человека и для подтверждения результатов выявления возбудителей инфекций, осуществленных методом ПЦР.