Библиотека института создана в 1923 году.
В структуру библиотеки входит абонемент, читальный зал, книгохранилище.
Площадь библиотечных помещений составляет 86,8 м. Читальный зал на 7 мест.
Общий фонд библиотеки составляет – 33634 ед. хранения.
Фонд библиотеки составляют книги, периодические издания, авторефераты диссертаций, диссертации, научные труды, монографии по инфекционным болезням — природно-очаговым инфекциям, смежным отраслям : биологии, географии, медицинской географии, химии, биохимии, ветеринарии и др. разделам науки.
Библиотека института получает двадцать четыре наименования специализированных научных изданий периодической печати.
Справочно-информационный фонд библиотеки составляют каталоги: алфавитный, предметный, систематический.
Картотеки: главная справочная картотека, авторефератов, журналов, научных работ сотрудников института.
В фонде имеется 263 экз. книг, статей из личной библиотеки академика Е. Н. Павловского – основателя учения о природной очаговости.
Печатные труды сотрудников института представлены в сборниках с 1951 по 2001, 2009, 2011, 2014 годы.