Основные направления деятельности отдела:
— организация текущего и стратегического планирования НИР, контроль за выполнением планов 
НИР,
— организация составления сводных годовых (промежуточных) и итоговых (заключительных) научно-технических отчетов о выполненных НИР,
— координация деятельности научно-исследовательских подразделений;
— подготовка и представление ежегодной научно-технической информации, по установленным формам, а также по запросам Роспотребнадзора, Минздрава России, других органов исполнительной власти,
— сбор и анализ информации по основным направлениям работы института, подготовка статистических отчетов, аналитических обзоров, информационных справок, бюллетеней, методических писем,
— организация взаимодействии с органами управления Роспотребнадзора, учреждениями здравоохранения, другими организациями, службами и ведомствами,
— организация подготовки и проведение научно-практических конференций, совещаний, семинаров,
— организация наполнения и сопровождение официального сайта института,
— организация работы со средствами массовой информации по вопросам основной деятельности института,
— организация и контроль за ведением делопроизводства, хранение и учет текущей документации института в бумажном и электронном виде,
— оказание практической и методической помощи специалистам по вопросам организационно-методической деятельности,
— организация и проведение аттестации специалистов института, контроль за подготовкой и повышением квалификации специалистов.